磁捕获杂交实时PCR检测致瘤性方法的建立农杆菌属葡萄在葡萄藤中
普通英语的研究提供了康奈尔教师，学生和员工的日记文章的简要介绍，非技术摘要。
作者1: Kameka L. Johnson, Desen Zheng, Supaporn Kaewnum, Cheryl Lynn Reid和Thomas Burr
1植物病理学和植物微生物生物学，康奈尔大学，日内瓦，纽约14456
植物病理学103:633 - 640。
Alex Koeberle摘要
背景:
农杆菌属葡萄（答:葡萄）是引起葡萄冠胆的细菌剂。受感染的葡萄园可以对葡萄生产具有严重的经济后果。用于防止冠胆的现行管理策略包括种植抗砧木，在没有生长的胆历史的情况下种植抗砧木，并使用不含病原体的种植材料。然而，答:葡萄在葡萄藤上全身持续存在。这提出了葡萄种植者的额外挑战：虽然幼儿园库存可能出现未感染，但扦插可能仍然携带病原体。一次答:葡萄它存在于葡萄田里，可以在活的和死的葡萄组织中持续数年。因此，使用清洁的植物材料是预防冠瘿病的最佳方案。
实验设计：
目前的测试方法答:葡萄缺乏敏感度和耗时。例如，愈伤组织或用缓冲液冲洗的插条可能需要长达6周的时间来确认答:葡萄缺乏或存在。这项研究的目的是开发一种诊断测试，提高检测的准确性答:葡萄这将以时间效率地产生导致的结果。
聚合酶链式反应（PCR）测定越来越受到检测的流行答:葡萄提高了敏感性和特异性。然而，PCR引物必须区分致瘤性和非致瘤性菌株，这抑制了检测范围广泛答:葡萄菌株。因此，本研究采用real-time PCR技术提高检测灵敏度。
实时PCR比传统PCR更敏感，耗时越少，因为它不需要进一步分析，例如凝胶电泳。然而，一个限制是测试需要靶核酸的阈值水平。研究人员首先雇用了Powerfood Kit（Mo Bio Laboratories Inc.，CA）以提取所有细菌DNA。然后可以从非靶细菌稀释靶DNA;但是，这可能导致错误的否定。考虑到这些问题，研究人员通过磁捕获杂交（MCH）和免疫磁分离（IMS）测试靶核酸富集，然后进行实时PCR。MCH使用微小的磁珠，将“生物素化的寡核苷酸探针”（即捕获探针）连接到该磁珠。该捕获探针胎珠复合物与来自靶向核酸结合答:葡萄。然后使用磁力将这些靶核酸分离，在珠子中与非靶DNA一起结合在一起，从非靶DNA洗掉。IMS使用针对细菌细胞的特异性抗体来浓缩靶标答:葡萄细菌。与IMS类似，随后利用磁力分离目标细胞和非目标细胞以及PCR抑制剂。最后，模板DNA从细菌细胞中释放出来，现在可以进行实时PCR了。查看伯尔实验室MCH过程的可视化描述。
MCH和IMS都有潜力显著提高葡萄藤索引的效率和准确性答:葡萄因此，本研究的目的是比较这些技术。
结果:
- MCH和IMS real-time PCR比Powerfood DNA提取灵敏度高1000倍，比直接real-time PCR灵敏度高10000倍。
- MCH real-time PCR检测仅检测到致瘤性菌株，而非致瘤性菌株在real-time PCR后仍为阴性。
- IMS对检测有效答:葡萄但也检测非致瘤菌株，往往存在。
- MCH, IMS和Powerfood DNA提取允许检测答:葡萄在自然感染的葡萄藤中，尽管妇幼保健是目前最准确的。
结论:
由于Crown Gall对葡萄生产的不利经济影响，必须有效和准确的分度方法来测试其休闲细菌答:葡萄。研究人员在本研究中发现实时PCR检测是一种高效、可靠、准确的检测方法答:葡萄。研究人员证明，MCH(核酸探针结合目标序列)和IMS(抗体针对病原体)是简单和快速的方法。MCH和IMS的敏感性分别是直接实时PCR和Powerfood DNA提取后实时PCR的10000倍和1000倍。研究人员发现MCH是最敏感的方法答:葡萄检测。利用MCH实时PCR等方法建立的协议有可能更好地了解葡萄中细菌的分布，促进健康的葡萄园管理。
底线:
实时荧光定量PCR是一种有效的检测方法一种。葡萄属，是导致冠瘿的病原菌。康奈尔大学研究人员开发的测试将灵敏度和准确度提高了“数量级”答:葡萄葡萄藤。
有关葡萄园的Crown Gall更多信息，请参阅这些相关的名称康奈尔文章：葡萄101（2015年5月）和研究焦点（2012年3月）。
Alex Koeberle'13是一个用于名称康奈尔的作家和管理编辑器。