一种快速、灵敏和廉价的葡萄红斑病毒检测方法，无需组织提取，采用环介导等温扩增
《简明英语研究》提供了康奈尔大学教师、学生和工作人员撰写的期刊文章的简要、非技术摘要．
作者:J. Lucina Romero Romero, Gavriela Dena Carver, Patricio Arce Johnson, Keith L. Perry和Jeremy R. Thompson
病毒学档案，164(5)，第1453-1457页。DOI: 10.1007 / s00705 - 019 - 04207 - y．2019年5月。
蒂姆·马丁森总结。
外卖。
- 葡萄红斑病是由葡萄红斑病毒(GRBV)引起的一种新出现的影响酿酒葡萄产量和品质的经济病害。
- 目前的GRBV检测方法包括从叶柄中提取DNA和PCR扩增，需要专门的实验室设备和专业知识。
- 一种新的改良技术“环介导等温扩增”(LAMP)是一种简化的检测方法，不需要提取DNA，每个样本的成本不到一美元，可以在一小时内完成。
- 作者报告说，它“比传统的PCR方法灵敏10000倍”。
- 比色测试几乎不需要专门的设备或培训，因此可能适合顾问和葡萄园经理用于诊断葡萄园的红斑程度。
背景。
葡萄红斑病是2008年新发现的一种葡萄病毒性疾病。葡萄红斑相关病毒(GRBV)于2012年被发现，从那时起，这种疾病在北美各地的新种植中被广泛检测到。在北美西部，GRBV是由一种昆虫——三角苜蓿叶蝉传播的。管理包括检测和清除受感染的葡萄。红色品种有时会出现明显的叶片症状(红色斑点)，而白色品种可能会表现出脉间叶片褪绿(黄色叶片)和边缘坏死。视觉症状并不完全可靠，因此需要诊断测试来确定葡萄的感染状态。目前使用的主要方法(多重PCR, qPCR)包括提取DNA，然后进行PCR扩增。
实验。
环介导等温扩增(LAMP)是一种在恒温单管中扩增DNA的单管方法。作者设计了一套六种不同的引物，与编码病毒“外壳蛋白”的DNA序列相关。随后的诊断反应中使用了该引物组和蒸馏水，以及通过“针刺法”获得的葡萄组织:
- 使用无菌移液管尖端在叶柄(3x)和叶基部(5x)“刺”3片叶子，以获得组织残留物。
- 移液管的尖端被放置在一个小的无菌管中，加入10微升蒸馏水，持续5分钟。
- 将半微升的水加入到装有12微升LAMP混合物的管子中。
- 试管和样品在65°C下孵育35分钟。
- 对红色(阴性)或黄色(阳性)的溶液颜色进行评分。
结果。
LAMP检测方法，通过连续稀释总DNA提取液进行测试，并与标准PCR和qPCR检测方法进行比较，能够以比这些标准方法低两个数量级的浓度检测到病毒。由于这种敏感性，作者能够开发和使用“针刺”方法，该方法绕过了从组织中提取DNA的2小时步骤。在进一步的测试中，不同的收集时间、孵育温度和孵育时间表明，该程序是稳健的;未观察到假阴性。由于LAMP测试的极端敏感性，污染和假阳性是一个潜在的问题，需要小心处理和执行。
每个样本的成本估计为0.85美元。该过程需要无菌移液管尖端，小型离心小瓶，带有适当DNA引物的试剂和水浴。
结论和实际考虑。
如果通过进一步广泛的田间试验进行进一步验证，这种简化的检测试验可以用于苗圃、认证项目，并由感兴趣的种植者诊断和检测从田间收集的样品中的红斑病感染。这种LAMP很可能也会成为检测其他病毒病原体的有用技术。
蒂姆·马丁森她是纽约日内瓦康奈尔农业科技公司园艺部门的高级推广助理。