凯文尼克松

我的研究活动相当广泛，并按如下方式进行分类：

1.系统发育分析的理论和方法论。在该领域的背景包括几篇论文，这些论文重点是系统发育分析中的各种理论问题，以及用于数据可视化和分析的“用户友好”程序的软件实现。也许我在这一领域的最重要贡献是开发快速的树搜索算法（“Parsimony ratchet”），它通过迭代重新重量变量来使用定向随机步行来提高树搜索效率。Parsimony ratchet是现在可用于树搜索的“快速”方法中的第一个，并通过叠加中实现的现有策略的数量级改善树搜索效率和有效性。我首先通过程序Nona实现算法（写入by Pablo Goloboff) and it has since been implemented in at least two versions that utilize PAUP* (e.g., Sikes and Lewis, 2001), as well as in TNT (Goloboff, Farris and Nixon, 2001, 2003). The ratchet has been successfully employed to analyze some of the largest data sets in plant systematics, e.g., the 500 taxon chloroplast data set (Nixon, 1999) and 567 taxon 3-gene data set (Soltis et al., 2000) and is now commonly used in calculation of supertrees.

2.较高种子植物和高血管菌群的系统发育关系和多样性。这与古典型的研究与康奈尔（康奈尔境外的其他人）合作，与Crepet和Gandolfo合作密切相关。从形态分析开始（Nixon等，1994）和第一次组合分子/形态学分析（Albert等，1994）开始并继续重新分析，我参与了种子植物/贪眼关系的几个大分析500分类rbcl数据集（Nixon，1999;戴维斯，尼克松和小2004年），原始分析“3-基因”angiosperm数据集（Soltis等，2000）和archaefructus的组合分子/形态学分析（Sun等人。2000）。我计划继续使用这些大规模分析，结合新的数据集（例如，Parsimony ratchet和Goloboff树搜索方法）的新方法，具有新的形态数据集超过大量的分类群。

3.化石历史的Anviosperms。我在化石植物植物中有一个长期的研究计划，从我的博士学位审查了大学化石橡树。论文，持续论文在第三次Fagaceae的最早化石证据上，并继续与Crepet和Gandolfo合作的白垩纪化石花（见出版物名单）。我在这些协作研究中的作用是在初步化石识别中应用我对AgeniSperm多样性和识别（参见教学部分）的了解，然后进行了密集的形态或组合形态/分子数据集的密集分析，以准确且可重复地识别化石。我们对白垩纪化石花的研究仍然是最广泛的，我相信最完全分析的任何Angiosperm化石花卉网站，并提供了高级白垩纪多样化进入现代分类群的最佳观点。这些论文对于无限期的时间仍然很重要，作为这种多样性的文件，并且可用于提供分子约会研究的校准点。我还被邀请协作，分析可能是最古老的高昂植物化石花，古代动物园。我在本文中的作用是开发用于现存种子植物的形态学矩阵，将其与选定的三基因数据集合结合，并分析我们的工具进行大规模的数据集分析。

4.栎（橡木）的系统和分类物。和Fagaceae（橡木家族）。我是北美昆虫的事实上（我撰写了在包括山毛榉树和栗子）和植物植物植物植物的北美的植物，其中包括美国和加拿大）。我目前正在完成植物植物植物植物的最后阶段，覆盖来自墨西哥墨西哥到巴拿马的Chiapas地区（我在该地区识别40种）。最近，来自Guerrero的奥克橡树物种被命名为我的荣誉（Quercus nixoniana valencia＆），虽然我最终会将它放在另一个物种名称下的同义词中。我也有一个以前的学生以我命名的真菌。

5. Platanaceae（Sy​​camores）的系统学。Sycamores是一个极其重要的属，在出版北美物种的综合专着之前理解得很差（Nixon＆Poole，2003）。我在这一群体开始工作（不是我的博士学位论文），而德克萨斯州的研究生基于我在墨西哥的广泛实地工作，并且能够公平地完成这项工作（Nixon＆Poole，2003）。在本研究的背景下，我们将来自墨西哥的两种新的和未描述的物种。鉴于周围的混乱和误解在墨西哥出现了多少种Platanus的困惑和误区，在墨西哥出现了多少种Platanus，对其形态的描述不足，以及本集团在开花植物的早期化石历史中的重要性，鉴于周围的困惑和误解，鉴于周围的混乱和误解。

6.交互式诊断理论和方法（简称，互动键控软件和算法）。我已经开发了（尚未发布的）算法，用于通过互动键加快标本识别，允许基于用户的专业知识水平和背景知识选择最有效的路径（例如，可以为专家或学生加权密钥）。我的网站www.plantsystematics.org可以看到这样一个密钥的一个例子。

7.分布式并行系统发育分析的软件开发。除了为pc开发有助于系统发育分析的软件(Winclada)，以及作为TNT项目的合著者(Goloboff, Farris和Nixon, 2001)，我目前正在开发基于web的界面，允许在异构的计算机阵列中使用多个软件包(Linux，Windows和MacIntosh)基于一个简单的Perl客户端/Adobe服务器/MySQL服务器模型。该系统的一个重要方面是用于存储分析方法和基于数据库的结果的关系数据库模型，它减轻了跨数据集的单个或多个排列管理大量分析的许多问题。该系统还允许用户根据其机器的使用情况、能力(例如速度和ram)以及他们授权执行多个同时分析的软件贡献计算资源。该系统已作为我的教学计划的一部分实现，目前我还在培训两个研究生编程数据库和web界面作为开发包的一部分。

8.生物信息学：数据库结构和生物多样性和分类数据的实施。辅助发展系统发育，分类学和生物多样性数据的大型数据库和网络传送系统，我开发了用于存储分类名称固有的复杂树状关系的数据库结构。该系统提供了简单的方法来对比不同的分类系统并在不同分类中检索名称使用。目前，该系统专注于向所有家庭和Angiosperms，裸子植物和蕨类植物（即血管植物）的所有家庭和属的图像，交互式地图和互动键提供交付。我将继续将此项目扩展为包含更多类型的数据。

外展和延伸重点

我的直接延期活动涉及监督在植物标目中进行的植物识别服务。该组成部分包括各种各样的用户，包括扩展代理人，农业学家，当地园丁，农民和各种有关植物识别问题的人。通常，这包括园艺植物，杂草，当地人，有时是来自国外的水果和材料。

我的外联活动包括开发工厂识别，图像服务和植物的映射的网站（www.plantsystematics.org）。作为该项目的一部分，我们还开发了“Tompkins County Flora”，它提供有关在Tompkins县自然发生的所有植物的图像，地图和其他信息。

我的推广计划主要通过我是策展人的L.H.Bailey Herbarium来实现。我们的植物标本馆有两个主要的优势，纽约中部的原生植物和栽培植物。除了通过植物标本馆工作人员管理植物识别服务外（大多数标识由助理Anna Stalter作出，还有一些人，以及我和志愿者Vern Durkee）。在过去的几年中，我们没有将标本数量的确切计数确切地确定为延期服务，但它们总结如下。

我们的外展的其他方面直接与扩展有关，是通过与已验证图像的视觉比较来识别工厂的Web工具的开发。这是可用的plustrystematics.org.并构成一个最完整和最易于的工厂识别网站，与CA。每天2,000个不同的用户，每年增加200万多百万。

本土植物识别宗：每年为公共和康奈尔社区进行大约150个植物识别（例如，2007年，加利福尼亚州，2007年65次由ED Cope，96由Bob Dirig，15由Kevin Nixon），并至少回答另外50-100个杂项植物有关信息的要求，包括使用Ethel Zoe Bailey苗圃和种子目录收集的有关培养植物的信息（这些请求主要由Peter Fraisenet处理的监督）。除了直接接受植物材料和/或图像外，我们现在还有一个名为“Tompkins County Flora.“它提供了一个Web界面，其中包含标本和地区数据的可搜索数据库，以及所有血管植物的链接现场和植物标记图像，该植物在Tompkins县的野外发生。最近，我们收到了BRI程序的授权，以完全数字化标签所有CA的数据和数据库样本图像。来自Tompkins县的20,000个植物标目标本，这是非常好的，在我的监督下，Anna Stalter所做的成像。我们现在拥有所有Tompkins县标本在线。

栽培植物计划。Herbenium是北美最重要的植物标本储存库中最重要的储存库之一，我们正在开发数据的网络界面，该网站界面将扩展L.H.Bailey（最重要的，Hortus第三）的重要作品。我们正在开发一个完全新的项目，称为Hortus Americanus，除了霍尔士覆盖的物种和品种之外，第三种将根据我们使用我们的苗圃和种子目录集合（Ethel Zoe Bailey Collection）的数据库提供额外的物种。这些数据库，因为它们仍然不完整，尚未在线获得，但将成为与密苏里植物园（Peter Raven）和国家植物园（Thomas Elias）开发的协同项目的一部分。目前，我们有加利福尼亚州。3500种培养的属数据库，大约大约10％大于Hortus第三的覆盖范围。完成此项目的时间框架将部分依赖于外部来源的资金。

期刊出版物

谷歌学者个人资料和出版物。

• 揭示，J.L.，＆Nixon，K。C.（2013）。Liberty海德Bailey Hortorium（BH）中的棕榈型集合。植物呋喃。2013-79：＃n / a。
• Nixon，K. C.，＆Carpenter，詹姆斯，（2012）。更多关于同源性。克莱斯。28：225-226。
• Avalos，S.，Nixon，K。C.，＆Kelly，L.（2011）。Quercus delgadoana（Fagaceae），来自墨西哥的塞拉斯东方的新物种。从头：植物学命名杂志。21：274-277。
• Gandolfo Nixon，M. A.，Hermsen，E.J.，Zamaloa，M.C.C.，Nixon，K.C.，Gonzalez，C.C.，Wilf，P.，Cuneo，N. R.，＆Johnson，K. R.（2010）。最古老的已知桉树化石来自南美洲。Plos一个。6：E21084。
• Salazar，J.，＆Nixon，K。C.（2008）。在安妥尔斯的火山藻中的新发现。植物审查。74：103-111。
• Nixon，K. C.（2008）。古巴托，证据和分子约会：来自若虫的一个例子。密苏里州植物园的年。95：103-111。
• Nixon，K. C.（2006）。橡木（栎属）和橡木森林的全球和新途径分布和多样性。生态学研究。3-13。
• Rothwell，G. W.，＆Nixon，K。C.（2006）。如何将化石数据纳入我们关于野外发育史的结论。国际植物科学杂志。167：737-749。

虽然我在没有教学成分的情况下被雇用，但我的工作描述仍然不包括一个，但我很强烈地认为，教学是维持积极和充满活力的研究计划的一个重要方面。我对教学的重点是高级植物系统的研究生课程 - 一种热带植物家庭课程，以及系统发育系统分析的理论和方法课程。我还领导了一项学期的研究生讨论组，主要关注分析方法。这些课程对我的研究很重要，因为他们有助于让我及时了解植物系统学和进化生物学的新发展。

从2009年秋天开始，我现在教授一个题为“全球植被和植物生物多样性”（Biolt 2300）的本科课程，用于学生，其中植物学的植物群体最小的学生。本课程强调控制植被分布的因素，并从气候和人扰动中解决植物生物多样性问题。与本课程相关的是一个可选的场上课程，在巴塔哥尼亚学习植被3周。本课程已经成功，到目前为止有三个现场旅行（2010年，2011年，2012年），共有47名本科生。根据学生的回复，许多人认为这次旅行是他们康奈尔教育的最重要方面。

也许我多年来教导的最重要的课程是系统发育系统。本课程一直专注于使用定义的系统发育分析，具有较少的组件，如诸如诸如疟疾，最大可能性，“贝叶斯”分析，如文学，生物地理和共参数。因为我在这些领域开发了算法和软件，因此多年来，该课程发生了很大发展。本课程的讲座和实验室练习始终于2009年春季进行修订。这是一种教导我在讨论组中进行的这种材料的实验方法的生长，以讨论小组（与Jerry Davis的团队教授）。在此模型下，学生需要使用多种方法重新分析已发布的材料，首先尝试复制已发布的结果，然后将分析扩展为包括各种对准算法，分析，最大可能性，贝叶斯分析以及适合于特定研究的其他方法。这种教学通过示例方法为我们的研究生筹备了出版自己的工作的现实，并为他们提供了知识和工具，这些工具将提高他们在工作研讨会或国家会议上撰写自己的工作时取得成功的机会。与此同时，通过重新分析现有的公布分析，他们更好地了解陷阱，在某些情况下，许多学生出现了新的研究问题的想法。本课程中开发的技能将通过我们每周讨论小组延长和磨练，为已完成课程的学生。

另一个本科/毕业生，我教导的是“热带植物家庭”，其中包括拓扑美洲国家的实地考察，以研究开花的植物多样性，重点是家庭一级的田间鉴定。该课程主要由植物生物学的研究生组成，其中一些本科生和研究生来自昆虫学和/或生态学和进化生物学。本课程是一个密集的Angiosperm多样性概述，两者都准备学生教学课程以及提供众多植物家庭的经验，可能为未来的研究项目提供想法。它还为学生准备了他们将在最现代化的系统研究中进行的热带场所工作。

在过去的14年里，我通过邀请在哥斯达黎加的夏季OTS（热带研究组织）课程“热带植物系统”课程。这是一个团队教导的课程，来自美国和哥斯达黎加的访问教师。在本课程中，我通常覆盖系统发育/闸门分析，分类理论，并通过热带森林栖息地领导徒步旅行教导现场鉴定。我通常在八周课程的大约两周内。