van Wijk实验室的研究主要分为两个主题:
- 通过线粒体和叶绿体中蛋白质水解系统的协调作用来控制细胞器蛋白稳态(称为蛋白质稳态)。关键问题是识别degron(即不同蛋白酶识别的线粒体和叶绿体蛋白内的识别信号/信息)，特别是n -degron，蛋白酶活性与细胞器和细胞代谢状态的协调/整合，以及蛋白酶活性的整合(即蛋白酶网络)。
- 脂质微室，称为质体球泡(PG)，在叶绿体中协调细胞器代谢的作用。关键问题是PG如何协调不同的代谢过程和途径。例如，我们观察到几个PG定位的abc1激酶的零突变体缺乏淀粉积累，并有修饰的类异戊二烯代谢物谱和条件表型。
我们正在通过跨学科的方法解决这些生物学问题，包括分子遗传学、蛋白质生物化学、x射线晶体学(通过合作)、质谱驱动的蛋白质组学和代谢组学，以及硅系统分析(例如基于mrna的共表达网络)。为了支持蛋白质组学工作流程，van Wijk实验室拥有内部质谱仪，内部植物蛋白质组数据库(PPDB)与我们内部的质谱数据分析管道无缝连接;研究生和博士后接受MS培训，共同维护我们的仪器。
外展及推广重点
外展的重点是在本科、研究生和博士后水平上的数量植物生物学和生物化学以及生物信息学和统计学的多学科培训。通过NSF资助的植物基因组成功的暑期实习，我们的研究涉及到来自弱势群体的本科生。
教学重点
Van Wijk的课堂教学主要集中在植物生物化学(BioPL462)、植物基因组学工具和技术(BioPL641)和植物蛋白质组学和质谱(BioPL482/483系列)。此外，van Wijk经常参加植物基因组学研讨会，在那里他通常教授蛋白质组学和质谱。研究指导包括本科、研究生和博士后水平，面向多学科研究的培训，目的是了解质体分化和蛋白质稳态/蛋白质水解。
期刊出版物
谷歌学者简介和出版物。
- K. van Wijk & Kessler, F.(2017)。质体球体:在代谢、质体发育过渡和环境适应中具有综合功能的质体微室。植物生物学年鉴。68:253-289。
- Bhuiyan, n.h.， Friso, G.， Rowland, E.， Majsec, K.， & van Wijk, K.(2016)。拟南芥中，质体球蛋白定位的金属肽酶PGM48是衰老的正调节因子。《植物细胞》28:3020-3037。
- van Wijk, K.(2015)。植物质体、线粒体和过氧化物酶体中的蛋白质成熟和水解。植物生物学年鉴66:75-111。
- 彭娜娜，王勇，孙强，& van Wijk .(2014)。发育中的玉米叶片mRNA和蛋白质丰度的相关性。植物学报，78:424-40。
- Nishimura, K. & van Wijk, K.(2014)。非绿色质体和叶绿体中的Clp蛋白酶系统。生物化学与生物物理学学报(BBA):生物能量学。
- van Wijk, K.， Friso, G.， Walther, D.， & Schulze, W. X.(2014)。拟南芥磷酸化蛋白质组学数据的荟萃分析揭示了磷酸化基序的区段化。《植物细胞》26:2367Ð2389。
- Nishimura, K.， Asakura, Y.， Friso, G.， Kim, J.， Oh, H.， Rutschow, H.， Ponnala, L.， & van Wijk, K.(2013)。ClpS1是拟南芥叶绿体Clp蛋白酶系统保守的底物选择器。植物细胞25:5 2276-2301。
- Olinares, P.， Kim, J.， Davis, J. I.， & van Wijk, K.(2011)。拟南芥中不对称植物质体ClpP/R蛋白酶复合物的亚基化学计量学、进化及其功能意义《植物细胞》23:2348-2361。
- Otinares, P. D.， Ponnala, L.， & van Wijk, K.(2010)。拟南芥叶绿体基质中Megadalton复合物的大小排除色谱特征。MCP:分子与细胞蛋白质组学。
- Friso, G.， maeran, W.， Huang, M.， Sun, Q.， & van Wijk, K.(2010)。玉米束鞘和叶肉叶绿体代谢途径、蛋白表达和稳态机制的重建利用第一个玉米基因组组装的大规模定量蛋白质组学。植物生理学,152:1219 - 1250。
演讲和活动
- 拟南芥叶绿体蛋白的成熟与降解。n端规则路径会议。2017年9月。Proteostasis网络。德国哈雷。
- 蛋白质组学和质谱对理解植物叶绿体生物学的方法和贡献。第七届墨西哥蛋白质组学学会研讨会|质谱基础的Omic。2017年9月。国际。瓜达拉哈拉。
- 拟南芥质体蛋白生命周期和质体肽酶网络。叶绿体生物技术戈登会议。2017年1月。集选区。文图拉,CA。
- 叶绿体中的蛋白质成熟和蛋白质水解。美国植物生物学家协会:ASPB 2016。2016年7月。奥斯汀,得克萨斯州。
- 叶绿体蛋白成熟和n端稳定性。叶绿体生物技术戈登会议。2015年1月。集选区。文图拉,CA。
