由Amanda Garris Ph.D.‘04
为了简化五种主食农作物(麦片,米饭,高粱和鹰嘴豆)的繁殖 - Bill&Melinda Gates Foundation已将康奈尔(Cornell)授予了1850万美元,该项目将使模块化,开放式开放式繁殖软件资源掌握在植物繁殖者的手中。在发展中国家。
植物育种和遗传学教授兼该项目的原理研究者苏珊·麦考奇(Susan McCouch)说:“这是繁殖史上的重要时刻,基因组进入了应用植物改善的核心。”“我们最终可以使用跨基因组的方法实时建模植物性能,这些工具使用世界各地的各种物种和地区共享的工具。”
基因组和开源育种信息学计划(GOBII)的目标是基因组学时代创造的障碍:大数据。据McCouch称,数十万新繁殖线(这是新品种的基础)在由CGIAR(全球15个研究中心的财团)运营的繁殖计划中积累了数百万个数据点。这些中心正在填充具有遗传特征的数据库(基因型)以及育种者对性状的观察或表型的观察,这些数据库将在未来世纪产生或破坏收获。数据库将包括有关干旱耐受性,抗病性和产量的信息。
“没有人可以处理数据量。大量的表型和基因型数据对于大多数公共部门育种计划来说都是压倒性的,”
麦考奇说。“在这个项目上,我们将自己视为后台。这笔赠款使我们能够继续进行一项服务项目,以开发和提供有用的工具和信息,向世界各地的公共部门育种者提供。”
Gobii将在墨西哥,印度和菲律宾的三个CGIAR中心与植物育种者一起将软件工程师和遗传学家汇集在一起。伊萨卡(Ithaca)赠款的合作者包括植物育种和遗传学教授马克·索雷尔斯(Mark Sorrells);卢卡斯·穆勒(Lukas Mueller),博伊斯·汤普森学院副教授;齐孙,计算生物学服务部门高级研究助理;USDA农业研究服务遗传学家Ed Buckler和Jean Luc Jannink。
Together they will develop databases and software tools that will allow breeders to use genomic information from start to finish, from identifying diverse farmers’ needs, to developing analytical tools to help breeders make selections among breeding lines, and ultimately integrating the new tools into existing information systems used by each CGIAR center.
McCouch说:“我们希望做的是帮助育种者更有效地进行选择,利用基因组学消除繁殖价值差的繁殖线,并增加寻找所需的东西的可能性。”“最终,我们的目标是提高发展中国家的小农户在应用基因组学在植物繁殖中的进步中受益的速度。”