莫霍克河流域位于该州的中心，连接着该州许多著名的生态系统。莫霍克河连接了西部的五大湖和东部的哈德逊河，它的支流排干了卡茨基尔和阿迪朗达克山脉的一部分。所有这些联系使莫霍克河成为多样性生态系统之间的过渡，增加了它的生物多样性和独特性。物种的流动不一定依赖于水流的方向，也可以向其他方向移动。例如，每年春天，蓝背鲱鱼从哈德逊河沿岸逆流而上，穿过莫霍克河的水闸产卵。一般来说，莫霍克河的渔业正处于过渡状态。淡水桶，以前没有，现在是普遍的丰富的整个河流;曾经罕见的北梭子鱼现在在河中随处可见，而且大多体型庞大。甚至流行的小嘴鲈鱼渔业也从数量转向质量(意味着黑鲈更少，但鱼更大)。
