在莫霍克河流域的水质保护和改善是必要的，以便人们受到健康危害的保护，饮用水供应是节省的，水生社区可以蓬勃发展和自然过程。自20世纪70年代初以来，莫霍克河流域的水质监测是DEC全州环境水质监测计划的一部分。通过化学，生物学和含量评估地表水质
物理参数。水质评估可以确定哪些污染物存在于哪些污染物，它们的来源以及它们影响流域健康的程度。虽然盆地的许多子流域已经通过该计划监测，但仍有很大数量的未评估流，河流和湖泊。
莫霍克河的北极位于阿迪朗达克斯的西南角。在该区域中，酸沉淀，与水的低缓冲能力结合，增加了一些污染物的可用性，例如铝和汞，以及产生低pH水域。虽然沉积物的运输是与农业，住宅和商业开发等河流系统，土地利用和人类活动的演变相关的自然过程，但沿着河岸缓冲区的消除植被，以及穷人道路，桥梁，桥梁，涵洞设计可以显着增加被运输的沉积物量。通过限制光渗透，降低水生生物的活力并影响下游的原始水域的生存力，对河流生态健康产生了不利影响。床单沉积物堵塞了支流的嘴，以及在莫霍克的主干中接收水域，需要疏浚以维持渠道运输和导航深度。自20世纪50年代以来以来，美国地质调查（USGS）一直在暂时收集莫霍克口的悬浮沉积物数据。其数据表明，Mohawk每年出口到500,000公吨的悬浮沉积物。USGS的最近4年的研究表明，莫霍克流域的悬浮沉积物产量为上部哈德逊的2.8倍（48.3与17.3公吨/ km2）在与莫霍克的汇合之上。
预期与气候变化相关的温暖水温和增加的天气极端将导致分层，营养加载，浊度和富营养化的更大强度和持续时间。这些条件将增加有害藻类盛开的风险，并可能影响废水处理厂的饮用水质量和功能。